一．沿革
開臺尊上帝，基功鎮臺郡，玉光威四海，皇恩被辰界，宮闕奠府城。開基玉皇宮，肇於荷據時期，建於明鄭時代，歷年迄今己三百餘年；先民諸賢大德之竭盡心力，鳩資捐獻出力，經歲月洗禮歷多方修葺，方有所成。
臺南，為臺灣之啓始地也，居臺島傳承之地位。先民肇建開基玉皇宮崇奉 玉皇上帝，備受萬民崇仰，及達諸神列聖，神威顯赫，佑及萬方，其名不可沒也。
(一)元始安座：荷據時期，安奉尖山頂肇建之「天壇」。
(二)首次建廟：明 永曆廿四年(西元一六七0年)，現在宮址。
(三)重修：清 康熙廿七年(西元一六八八年)，現在宮址。
(四)重建：清 嘉慶五年(西元一八00年)，現在宮址，改稱開基玉皇宮。
(五)重修：清 光緒十三年(西元一八八七年)。
(六)續修：日據 大正三年(西元一九一四年)。
(七)重建：日據 昭和九年(西元一九三四年)，現在宮址。
(八)重建：民國三十五年(西元一九四六年)，現在宮址。
(九)重建：民國四十六年(西元一九五七年)，現在宮址。
(十)擴建：民國五十年(西元一九六一年)。
(十一)重建：民國六十九年(西元一九八0年)重建正殿及鐘鼓樓。
(十二)升殿安座：民國七十三年歲次甲子年(西元一九八四年)
正月初六日。
(十三)偏殿增建：民國七十七年(西元一九八八年)。
(十四)增建太歲殿：民國八十二年(西元一九九三年)。
二．信仰-拜天公
台南人結婚仍保有拜天公習俗，尤其由老一輩主持的婚事，拜個天公，有如教堂牧師的福證，讓婚事更加隆重圓滿，也希望在天公的福證下，新人能偕老白頭。開基玉皇宮拜天公行之有年，廟方更將此古老科儀向市府申請「市定民俗」。
「拜天公」一般都在男方家舉行，早期都在自家門口辦理，如慎重一點還要「殺豬倒羊」，再「搬」一場傀儡戲給玉皇上帝觀賞。但隨著居住環境改變，住大樓的人不易拜天公，現在大部分已改到廟裡舉行。
玉皇宮拜天公儀式已行之有年，過去沒有加以整合，由道士法師自行操辦，但品質良莠不齊，貢品離離落落，因此有民眾向廟方投訴，廟方為維護這項府城獨有的傳統，並樹立典範，委由府城延陵道壇六代道長吳政憲統籌辦理，由穿著道袍的道長和道士，以靈寶謝恩三獻酬神科儀庇護新人婚後家庭美滿、幸福和樂。
開基玉皇宮自辦的正統拜天公儀式，新人只需約好時間到玉皇宮，所需的供品都由廟方代為張羅，標準供品包括素豬羊、素五牲、十二菜碗、山珍海味、五獸糖塔、薦盒、紅龜紅桃、紅圓、牽圓、粳粽、發粿、甜粿、甘蔗、篙錢、鮮花五果等，供品可從數千元至上萬元不等，取決於主家的選擇。
雖然紅頭法師也能主持拜天公儀式，但玉皇宮主辦的拜天公更為專業。先由道長敬獻靈寶謝恩酬神三獻科儀，先是茶讚、酒詩，接著第一獻邀請玉皇上帝，第二獻請三官大帝和南北斗星君、三獻請眾神明一起為新人加持。新人預約登記時需準備男女雙方新人和家長的生辰八字和地址，再由道長備妥疏文於儀禮中敬獻玉帝。
三．信仰-祭改
祭改又稱祭解、補運、改運，是一種普遍流行於民俗的儀式。很多人不明白祭改的意思，而覺得很神秘，其實祭改就是藉由祭祀向神明懺悔求助，藉由神兵神將來解除自身的厄運、改善運途。許多人面臨運勢不佳或是家運不順時，會親自或委託親友到宮廟、道壇或奉祀玉皇大帝、城隍、保生大帝等神明的寺廟，請道士或法師舉行祭解儀式，以使運勢轉趨順利、逢凶化吉。
開基玉皇宮五斗殿祭改服務行之有年，若覺得去年不順遂、想去汙除穢、期許明年否極泰來，可至五斗殿找紅頭法師祭一祭。
每個人都有關限，是一種阻礙和噩運，透過法師持咒破關化解，永保安康。祭改之前得至金香部購買祭改品，大改含生肖、草人、關限、太歲、天狗、白虎、車關和金紙等，交給法師「代工」處理。
祭改過程，紅頭法師代表一種喬接的角色，他替你把問題轉交給玉皇上帝，由他老人家幫你做主。在玉皇宮，因為玉皇上帝就在樓上辦公，效率更高。
玉皇宮廟前廣場的祭車儀式亦歷史悠久，也是目前台南各大宮廟唯一有此固定儀式的廟宇，由於廟擁有二至三位駐廟法師，所以民眾可享受現到現祭的快速服務。
祭車的情形有三：購買新車，祭車發彩，祈求未來行車平安順遂。二是購買二手車，不知前車主是否有任何業障，交車馬上開來祭改，把前車主的業障一體消除。三是開車不小心壓到動物，到廟祭一下燒點金紙給動物，人畜兩安。另外一種是犯了車關的人，也會到廟宇祭改，前者針對車，後者針對人，不太一樣，但主要目的同為行車安全，祈求：快樂出門、平安回家。
簡單說來，犯了車關意喻會發生車禍，若是「未來式」，就要到廟宇祭改才能化險為夷。另有一種已是「完成式」，代表已經發生了，也許只是小車禍或不小心撞到貓狗之類的，可到廟宇請求道長以祭改的儀式加以化解，一方面也是感謝神明庇祐，未釀成大災。
四．信仰-安太歲
玉皇宮有太歲殿，裡面供奉六十位太歲星君，每年都有一位值星太歲。我們常聽到人說: 不要在太歲頭上動土！中國人特別相信太歲，太歲的方位代表「兇」方，犯太歲的人會沖到本命，來年將不順遂，跟它正沖的也倒霉。
要算有沒有犯太歲，最簡單的方法是畫個時鐘，將12生肖自1開始排一圈，若你屬豬，就是12，你就是犯太歲，跟12對沖的是6，所以屬蛇的是正沖，不論屬豬或蛇，都要安太歲保平安。
玉皇宮太歲殿裡還有一個轉運石，可順時鐘方向從你自己的生肖開始摸，轉一圈，有助於否極泰來、化險為夷。