又名『小媽祖廟』
建立時間：西元一六四七年
宮址：台南市自強街12號
本宮創建於西元一六四七年(荷蘭時期），現為國定古蹟，相傳因台灣是個海島，與海的關係密切，尤其中國移民遷居始於宋，然至明末鄭成功入台，隨之而至甚多。尤其「咸豐」年間太平天國之亂東南沿海閩粵等漁民更傾蜂避難南逃，在海上帆行險難，推測，迎媽祖海神沿路庇佑，因而由民間斥資興建廟宇，地點在古時候的鎮北坊水仔尾（則現址），相傳該廟是台南市最早興建的媽祖廟。據台灣縣志所載「小媽祖廟在水仔尾開闢後由鄉人興建」而遠在鄭氏時期即欽賜祀典之神，由來甚早，故本宮肇建年代亦早，遠在明永曆年間，恭迎正身來台後，即由水仔尾鄉民集資重建廟祠，二戰前後境民亦為之修繕多次。
日治後期台灣推行皇民化運動，宣傳「諸神昇天」迫害民間信仰，許多小廟均遭拆廟燒神的厄運，開基天后宮因歷史悠久，日本人不敢輕舉妄動因而倖免於難，有些小廟被拆神像流離失所，乃寄祀本宮獲得保護，二戰後各廟復建遂與本宮結為「交陪境」，計有「三老爺宮」「大士殿」「敬心壇」「元和宮」「興濟宮」「金安宮」「新市永安宮」「縣城煌廟」「嘉義大天后宮」「神佛壇」「忠澤堂」「普濟殿」「慶安宮」「興聖宮」「嘉義地母廟」「廣州宮」「嘉義南隱宮」「慶濟廟」等。