開基玉皇宮原訂元月23日、24日辦理庚子年金籙慶成祈安五朝建醮大典平安遶境活動，考慮國內疫情嚴竣，在市府及北區區公所強烈建議下，暫停辦理。
桃園防疫造成破口，擔心大型遶境活動人流頻繁會讓疫情更佳失控，而台南市長黃偉哲又於19日宣布鹽水蜂砲暫停辦理，20日上午，開基玉皇宮管理委員會由主任委員涂大松召集委員召開緊急會議，達成停辦共識，決定停止此次平安遶境活動，並與台南市政府副市長趙卿惠、民政局長顏振標、北區區長李皇興共同對外宣布。
副市長趙卿惠致詞感謝玉皇宮「體貼」政府防疫政策，斷然取消此次大型遶境活動之舉，足堪其它宮廟表率。玉皇宮主任委員涂大松表示，離此次遶境活動還有兩天突然喊停，他個人也覺得十分難過，但「人民的平安超越神明事之上」，相信這也是玉皇上帝「佈天之德、濟渡群生」的旨意，希望大家見諒。
籌辦此科建醮的總幹事王周全表示，北部防疫已有破口，此次平安遶境又上看萬人，有些陣頭來自北部地區，若造成疫情往南蔓延，玉皇宮擔不起責任。離此科醮圓滿僅剩遶境一項活動，為配合政府的政策不得不停止辦理，請各友宮擔待，未來在送燭尾時再一一登廟答謝。
開基玉皇宮是台灣最早的天公廟，迄今歷史350年。二戰後建醮有四次，庚子年此科是83年後睽違26年的第五次建醮，備受矚目，尤其平安遶境活動有三十家廟宇參與，預估達上萬人參與，為考慮防疫安全，配合政府政策，宣布取消活動，實不得已之舉。
隨後，民政局長顏振標及北區區長李皇興也拜訪開基天后宮，就該廟1月23日送神及2月14日(大年初三)辦理送天師遶境活動提出建議，為避免群聚感染，防止疫情擴散並保障全民健康，在市府及北區區宮所強烈建議下，該廟停止辦理1月23日送神活動，改由廟方自行辦理。另有關2月14日送天師平安遶境活動，也緊急宣布暫時延期，視後續疫情發展，再由委員會決定是否取消或另訂時間辦理。